Dès les premiers âges de la chrétienté, Couches fût élu comme lieu de prière. Le Monastère construit sans doute au VIIème siècle, fût détruit par les Sarrazins en 725, il dût être reconstruit dès le début du IXème siècle, puisqu’il en est fait mention dans un diplôme de Charles le Chauve, en 843.
En 939, l’Abbaye fût de nouveau détruite, et transformée en château fort, elle tomba aux mains des laïques, en 990, et fût mise sous la sauvegarde de la puissante Abbaye de Flavigny. Le Monastère fut réparé de telle façon qu’en 1098 «Hugues de Flavigny», petit-fils de l’empereur Othon III, pouvait y recevoir « somptueusement », et y traiter «magnifiquement» l’évêque d’Autun qui revenait de Lyon.
En 1359 et 1360 Couches subit l’assaut des anglais qui ne laissèrent que ruines sur leur passage, le Prieuré fût très endommagé, le Monastère fût entièrement ravagé par le feu, les cloches elles-mêmes fondirent. Sa remise en état devait être rapidement entreprise, puisqu’en 1364, le prieur «Hugues de Montagu» demandait à l’Abbaye de Flavigny, de pouvoir consacrer les 100 livres annuelles de redevances, aux réparations ; faculté qui lui fût accordée le 3 janvier 1365.
Au cours des années 1438 et 1441, «les Ecorcheurs», l’une de ces compagnies de brigands, qui semait la terreur au Moyen-Age, pillèrent et saccagèrent Couches et les environs. Nul doute que le Prieuré reçut leur visite. Antoine de Clugny, prieur en 1463, restaura l’église du Prieuré, et y fonda La Chapelle en l’honneur de Saint Jean l’évangéliste, et Sainte Madeleine. L’autel fût consacré le 7 août 1496. Les voûtes à nervures, qui sont en avant des absides, le portait et les fenêtres à vitraux, sont l’oeuvre d’Antoine de Cluny.
La fameuse poutre ornée de pampres, et de deux têtes d’animaux fantastiques, est supposée évoquer une représentation de la Vivre, cette oeuvre est due au prieur “Etienne de Neufville” et porte la date du 8 janvier 1456.